Ökumene findet nicht nur in internationalen Dialogkommissionen und wissenschaftlichen Fachgesprächen statt, sondern auch vor Ort in Gemeinden, Verbänden und Diözesen. Das Möhler-Institut unterstützt kirchliche Akteure bei der Wahrnehmung ökumenischer Aufgaben und stellt wissenschaftliche und konfessionskundliche Expertise für konkrete Fragestellungen zur Verfügung.
Darüber hinaus bietet das Institut Kurse, Workshops, Studientagungen und weitere Bildungsangebote an. Sie vermitteln Kenntnisse über andere christliche Kirchen und kirchliche Gemeinschaften, informieren über den aktuellen Stand ökumenischer Dialoge und fördern die Fähigkeit, ökumenische Beziehungen in der kirchlichen Praxis zu gestalten.