Die Bibliothek des Johann-Adam-Möhler-Instituts hat mit ihren rund 160.000 Bänden, etwa 120 laufend gehaltenen Zeitschriften und zahlreichen Nachschlagewerken den Charakter einer Wissenschaftlichen Spezialbibliothek für Ökumenische Theologie.
Den Schwerpunkt des Bestandes bilden ökumenische, konfessionskundliche und weitere theologische Werke verschieden konfessioneller Autorinnen und Autoren. Hinzu kommen theologische Standardwerke und Spezialliteratur aus allen Teildisziplinen der theologischen Wissenschaft. Über die Publikationen des Ökumenischen Rates der Kirchen oder der Konferenz Europäischer Kirchen hinaus sind zum Beispiel auch Predigt-, Gesang- und Gebetbücher, Agenden oder Rechtssammlungen vorhanden, und vieles mehr.
Neben dem Katholizismus sind die Bereiche Luthertum, reformierte Theologie, Orthodoxie, Anglikanismus und Freikirchen ebenso repräsentiert wie verschiedene Sondergemeinschaften, zudem das Judentum und weitere nichtchristliche Religionen.
