Benannt wurde das Institut nach dem Tübinger Theologen Johann Adam Möhler (1796 – 1838), der als Mitbegründer der „Katholischen Tübinger Schule“ als wichtiger Erneuerer der katholischen Theologie im 19. Jahrhundert gilt. Er begründete mit seinen beiden Werken über die „Einheit in der Kirche“ (1825) und zur „Symbolik“ (1832) katholischerseits die wissenschaftliche Erforschung der Lehrunterschiede zwischen den Konfessionen. Er mied die damals übliche Polemik ebenso wie eine die Unterschiede nivellierende Irenik und bezog sich bei der Darstellung der Lehre der Reformationskirchen auf deren offizielle Bekenntnisschriften. Möhler trug so zur Überwindung der kontroverstheologischen Polemik bei und gilt darum als Vorläufer und Wegbereiter heutiger ökumenischer Theologie.
Die Tübinger Schule
Die Tübinger Schule bezeichnet eine im 19. Jahrhundert an der Katholisch-Theologischen Fakultät der Universität Tübingen entstandene theologische Bewegung, die Glaube, Geschichte und kirchliche Tradition miteinander zu verbinden suchte. Sie verstand Theologie als eine wissenschaftliche Disziplin, die den christlichen Glauben in seiner geschichtlichen Entwicklung untersucht und zugleich nach seiner inneren Einheit fragt. Zu ihren bedeutendsten Vertretern zählt Johann Adam Möhler (1796–1838), der ab 1826 in Tübingen lehrte. Neben Möhler zählen unter anderem Johann Sebastian Drey, Johann Evangelist Kuhn und Franz Anton Staudenmaier zur Tübinger Schule. Ihre theologischen Impulse wirkten weit über das 19. Jahrhundert hinaus und beeinflussten insbesondere die Entwicklung der katholischen Theologie und der ökumenischen Bewegung. An diese Tradition knüpft auch das Möhler-Institut für Ökumenik in Paderborn an.