Das Institut ist am ökumenischen Dialog mit dem Ziel einer künftigen Einheit in der Wahrheit und in der Liebe beteiligt. Die Mitglieder des wissenschaftlichen Kollegiums werden zu Dialoggesprächen eingeladen vom Päpstlichen Rat zur Förderung der Einheit der Christen, von der Deutschen Bischofskonferenz und von der Erzdiözese Paderborn. Dazu gehört hauptsächlich die Mitarbeit in verschiedenen ökumenischen Organisationen und Gremien auf internationaler, nationaler und regionaler Ebene. Die Mitarbeit erstreckt sich u.a. auf folgende Gremien:
- Arbeitsgemeinschaft Christlicher Kirchen (ACK) auf Bundesebene, regionaler und lokaler Ebene
- Ökumenekommission der Deutschen Bischofskonferenz
- Konferenz der Diözesanverantwortlichen für Ökumene (KDÖ) der deutschen Bistümer
- Päpstlicher Rat zur Förderung der Einheit der Christen
Das Möhler-Institut war / ist beteiligt an folgenden Dialoggesprächen:
- Bilaterale Arbeitsgruppe der Vereinigten Ev.-Luth. Kirche Deutschlands und der Deutschen Bischofskonferenz
- Deutscher Ökumenischer Studienausschuss (DÖSTA)
- Dialogkommission des Lutherischen Weltbundes und des Päpstlichen Einheitsrates
- Konsultationen zwischen der Gemeinschaft Evangelischer Kirchen in Europa und dem Päpstlichen Einheitsrat
- Gemeinsame Kommission der Deutschen Bischofskonferenz und der Orthodoxen Bischofskonferenz in Deutschland
- Theologische Gespräche der Deutschen Bischofskonferenz mit der Russischen Orthodoxen Kirche
Das Möhler-Institut unterhält selbstständig ökumenische Gespräche:
- mit Vertretern der Vereinigung Evangelischer Freikirchen in Deutschland (VEF)
- im Rahmen der katholisch-orthodoxen Arbeitsgruppe St. Irenäus