Die Direktoren des Instituts haben folgende Forschungsschwerpunkte:
Prof. Dr. Christian Stoll
- Interkonfessionelle Theologiegeschichte der Moderne
- „Religiöse Erfahrung“ und Wissenschaftstheorie der Theologie
- Ekklesiologie und politische Theologie
PD Dr. Burkhard Neumann
- Evangelische Kirchen
- Freikirchen
- Fragen der Sakramententheologie
Dr. Johannes Oeldemann
- Konfessionskunde, Schwerpunkt: Kirchen des christlichen Ostens (Orthodoxe, Orientalisch-Orthodoxe und mit Rom unierte Ostkirchen)
- Ökumene: Sammlung und Analyse offizieller Dialogdokumente (Edition „Dokumente wachsender Übereinstimmung“)
- Ökumenische Dialoge: Orthodox-katholische Gespräche auf nationaler und internationaler Ebene
Das Möhler-Institut unterhält eine wissenschaftliche Spezialbibliothek mit derzeit ca. 150.000 Bänden.