Benannt wurde das Institut nach dem im württembergischen Igersheim geborenen Tübinger Theologen Johann Adam Möhler (1796-1838). Er gilt seit dem 19. Jahrhundert als Erneuerer der katholischen Theologie. Er begründete mit seinen beiden Werken über die „Einheit in der Kirche“ (1825) und zur „Symbolik“ (1832) katholischerseits die wissenschaftliche Erforschung der Lehrunterschiede zwischen den Konfessionen. Er mied die damals übliche Polemik ebenso wie den dogmatischen Irenismus und bezog sich bei der Darstellung der Lehre der Reformationskirchen auf deren offizielle Bekenntnisschriften. Er trug so zur Überwindung der kontroverstheologischen Polemik bei und gilt darum als Vorläufer und Wegbereiter heutiger ökumenischer Theologie. Wichtige Einsichten Möhlers griff das Zweite Vatikanische Konzil auf.
Die Geschichte des Johann-Adam-Möhler-Institutes für Ökumenik ist unlöslich mit dem Namen seines Gründers, des Paderborner Erzbischofs Lorenz Kardinal Jaeger, verbunden. Als er während der Wirren des Zweiten Weltkrieges Erzbischof wurde, ging er unverzüglich an die ersten ökumenischen Aufgaben heran. Sein Wirken ist aber nicht ohne die anderen ökumenischen Wegbereiter in der Kirche von Paderborn zu denken. An der Philosophisch-Theologischen Akademie hatten vor allem die Professoren Paul Simon, Adolf Herte und Norbert Peters schon vor dem Zweiten Weltkrieg entscheidende Vorarbeiten für eine Annäherung zwischen den getrennten Kirchen geleistet.
Erste Schritte zu ökumenischen Gesprächen
Paul Simon war einer der ersten katholischen Autoren, die sich mit der Ökumenischen Bewegung auseinandersetzten; er leitete katholischerseits 1934 die erste interkonfessionelle Theologenkonferenz. Adolf Herte legte bedeutende Studien zur Entwicklung des katholischen Lutherbildes vor. Norbert Peters förderte als Alttestamentler die Begegnung mit der protestantischen Exegese und trug wesentlich zur Etablierung der Textkritik im katholischen Raum bei. Paul Simon, seit 1933 Dompropst, und Lorenz Jaeger, seit 1941 Erzbischof, unterhielten in der Zeit des Dritten Reiches zahlreiche ökumenische Kontakte, die wegen der geheimpolizeilichen Überwachung zum großen Teil verborgen bleiben mussten. Die beiden konnten erreichen, dass 1943 ein Ökumene-Referat der Bischofskonferenz eingerichtet wurde, dessen Leitung Jaeger und dem Wiener Kardinal Innitzer übertragen wurde. Noch im letzten Kriegsjahr begannen theologische Vorarbeiten für Gespräche mit der protestantischen Seite, an denen u. a. Karl Rahner, Romano Guardini und Michael Schmaus beteiligt waren.
Jaeger-Stählin-Kreis
Aus diesen Vorarbeiten ging 1946 der sog. Jaeger-Stählin-Kreis hervor (Ökumenischer Arbeitskreis evangelischer und katholischer Theologen), in dem bis heute das Gespräch mit evangelischen Theologen gepflegt wird. Zu seinen Mitgliedern gehörten bzw. gehören u. a. Wolfhart Pannenberg, Walter Kasper, Karl Lehmann, Joseph Ratzinger und Eduard Lohse. Paderborn wurde (ähnlich wie Wien für das Gespräch mit der Orthodoxie) zu einer Werkstatt des Dialogs mit dem Protestantismus. Jaeger war schließlich an der Initiative zur Gründung des vatikanischen Einheitssekretariates und an dessen Konzeption entscheidend beteiligt (1960). Unterstützt von Eduard Stakemeier, dem ersten Direktor des Möhler-Instituts und Professor an der Theologischen Fakultät Paderborn, kann er als einer der Väter des Ökumenismusdekretes des Zweiten Vatikanischen Konzils gelten. Wegen seines Einsatzes für die Einheit der Kirche wurde er 1965 in den Kardinalsrang erhoben.
Ein Verein zur Errichtung eines Ökumeneinstitutes
Um die Begegnung der getrennten Christen zu fördern, wurde am 27. Januar 1956 der „Verein zur Förderung wissenschaftlicher Forschung auf dem Gebiet der Konfessions- und Diasporakunde“ ins Leben gerufen. Hauptziel des Vereins war die Errichtung eines Institutes, das die Forschung auf dem Gebiet der ökumenischen Theologie vorantreiben sollte. Er wurde 1969 in „Verein zur Pflege wissenschaftlicher Forschung auf dem Gebiet der Ökumenik e. V.“ umbenannt.
Institutsgründung
Am 19. Januar 1957 wurde das Institut von Erzbischof Lorenz Jaeger gegründet. Der ursprüngliche Titel „Institut für Konfessions- und Diasporakunde“ wurde 1966 umgewandelt in „Institut für Ökumenik“. Es ist der Theologischen Fakultät Paderborn angegliedert.
Träger des Instituts ist das Erzbistum Paderborn. Präsident des Institutes ist der jeweilige Erzbischof von Paderborn. Das Institut wird geleitet von einem Professor der Theologischen Fakultät Paderborn.
Erster Direktor war der Paderborner Fundamentaltheologe Prof. Dr. Eduard Stakemeier (1904-1970). Sein Nachfolger war der spätere Bischof von Würzburg, Prof. Dr. Paul-Werner Scheele. Von 1999 bis 2022 leitete Prof. Dr. Wolfgang Thönissen das Institut. Der derzeitige Leitende Direktor des Möhler-Instituts ist Prof. Dr. Christian Stoll.